影响有机肥发酵因素主要有温度、水分、C/N、pH。在工厂化发酵中，通过人为调控，为好氧微生物活动创造适宜的环境，促进发酵的快速进行，具体条件下的影响如下：
1、温度影响：
温度是显示好氧发酵中微生物活动程度的重要指标，高温的产生标志发酵过程运转良好。工厂化发酵要求周期短，一般为10-20d。通常采用翻料和强制通风的方法来改善状态，促进前期物料快速升温和维持中期60-65°的高温，猪粪的不良物理形状是影响发酵升温的主要障碍，必加入高C/N和地水分的有机物予以改善。
2、湿度影响
水分是微生物活动不可缺少的重要因素。在好氧发酵工艺中，物料适宜的含水率为60%-70%。物料含税过高过低都影响好氧微生物活动，发酵前应进行水分调节。物料含水率小于60%，升温慢，腐解度差。鲜粪一般含水量较高，降低含水量的方法是掺合地水分的油机物料。如稻壳、泥炭、锯末、秸秆等、这些辅料还促进水分的散失。
3、C/N影响
C/N是微生物活动的重要营养条件，有机肥设备通常微生物繁殖要求的适宜C/N为20-30.猪粪C/N平均为14.单纯猪粪不利于发酵，需要掺合高C/N比的物料进行调节，上述调节含水率的物料都具有高C/N比，也是良好的C/N掺合料。
4、PH值影响：
酸碱度对于微生物活动和氮素的保存有重要影响，畜禽粪便工厂化发酵是好痒发酵，有大量铵态氮生成，使PH升高，发酵全过程均处于碱性环境，高PH环境的不利影响主要是增加氮素损失。可以加入稻草、锯末、谷糠等辅料。促进氮的生物固定，并降低主料中氮在发酵过程中的矿化率，减少铵态氮的挥发损失。新鲜猪粪与其应用无害化菌剂发酵的生物有机肥，经过微生物高温分解和热交换，水分大量排除，其含量减少30%-40%，有机质含量提升越2倍，氮素养分相对提升2-4倍，磷提升2-8倍，钾提升约10倍，PH由中性变成微碱性，增加有益微生物1.3-1.5亿/g。
